A localizacións dos arquipélagos do Parque Nacional, nas Rías Baixas, crea unha barreira natural ante o océano que acentúa o ambiente estuárico das Rías Baixas. No medio terrestre destacan os sistemas dunares, os cantís e os matos de toxo e breixo. No medio mariño, con fondos rochosos, son importantes as comunidades de bosques de algas pardas (Saccorhiza polyschides e Laminaria spp.) que acollen unha gran variedade de seres vivos.
As correntes mariñas depositan as areas nas zonas máis protexidas que, xunto cos importantes fondos de Maërl (conformados por restos de algas calcarias), crean uns medios de substrato móbil ao cal se deben adaptar os seres vivos, como os bivalvos que se enterran para que as correntes non os leven.
A gaivota patiamarela e o corvo mariño cristado crían no Parque, este último forma unha das maiores colonias do sur de Europa. Outros animais terrestres das illas están distanciados dos conxéneres costeiros, de xeito que se van diferenciando. Son bos exemplos disto a existencia da subespecie de lagarto arnal de Sálvora ou o viviparísmo das píntegas das illas.