La localización de los archipiélagos del Parque Nacional, en la entrada de las Rías Baixas, crea una barrera natural ante el océano que acentúa el ambiente estuárico de las rías. En medio terrestre destacan los sistemas dunares, los acantilados y los matorrales de tojo y brezo. En el medio marino, con fondos rocosos, son importantes las comunidades de bosques de algas pardas ( Saccorhiza polyschides y Laminaria spp.) que acogen una gran variedad de seres vivos.
Las corrientes marinas depositan las arenas en las zonas más protegidas que, junto con los importantes fondos de Maërl (conformados por restos de algas coralígenas), crean unos medios de sustrato móvil al cual se deben adaptar los seres vivos, como los bivalvos que se entierran para que las corrientes no se los lleven.
La gaviota patiamarilla y el cormorán moñudo crían en el Parque, este último forma una de las mayores colonias del sur de Europa. Otros animales terrestres de las islas están distanciados de los congéneres costeros, de manera que se van diferenciando. Son buenos ejemplos de esto la existencia de la subespecie de lagarto ocelado de Sálvora o o el comportamiento vivíparo de las salamandras de las islas.