La abundancia de vida marina de las islas sustenta poblaciones nidificantes de aves marinas como las de gaviota patiamarilla o las de cormorán moñudo, y en menor medida, la de gaviota sombría, paíño europeo y la pardela cenicienta. También aprovechan estos recursos aves invernantes o en paso migratorio como el cormorán grande, el alcatraz, la pardela balear, el arao y el charrán patinegro.
En zonas de menor influencia marina, aparecen aves como el halcón peregrino, la salamandra dentro de los anfibios, el eslizón ibérico en los reptiles, o la escasa mariposa Zerynthia rumina en el grupo de los insectos. Los mamíferos son escasos en el Parque, aunque son abundantes los conejos que prácticamente no tienen depredadores. La nutria habita y pesca en la costa de las islas.
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