Uno de los principales objetivos del Parque Nacional es conservar la integridad de sus valores naturales, representativos del sistema natural español por los que ha sido declarado, fomentar el conocimiento de sus valores y contribuir al fomento de la investigación científica.
En el Parque Nacional Marítimo Terrestre das Illas Atlánticas de Galicia se realiza un esfuerzo investigador para el estudio de los diferentes valores del Parque. Así los trabajos que se llevan a cabo dentro del ámbito del Parque Nacional son relativos al seguimiento de los recursos naturales tanto de la flora como de la fauna y de las interacciones entre los diferentes componentes del medio. Dentro de los estudios que se realizan hay que destacar los relativos al estudio del medio marino.
Numerosos trabajos recientes, por su proximidad, son coordinados desde las Universidades y Centros de Investigación gallegos.
El programa de seguimiento de los valores naturales del Parque Nacional de las Islas Atlánticas de Galicia tiene por objeto monitorizar un amplio número de variables ambientales con objeto de conocer la tendencia del estado de conservación del Parque y servir de apoyo a las decisiones de gestión.
Adicionalmente, desde el Parque se pretende colaborar con otras instituciones que realicen seguimientos o investigaciones ambientales. Para eso, el sistema de seguimiento se incorporó a varias redes nacionales e internacionales de seguimiento e investigación ecológica a largo plazo, como son LTER-España, ILTER, Rede de Observación Ambiental de Galicia y el Plan de Seguimiento de la Red de Parques Nacionales.
El seguimiento comprende registros automáticos en continuo recogidos mediante equipos instalados en campo y muestreos de campo llevados a cabo por personal especializado. Actualmente se hayan en fase de implementación, considerando los siguientes aspectos: