Un dos principais obxectivos do Parque Nacional é conservar a integridade dos seus valores naturais, representativos do sistema natural español polos que foi declarado, fomentar o coñecemento dos seus valores e contribuír ao fomento da investigación científica.
No Parque Nacional Marítimo Terrestre das Illas Atlánticas de Galicia realízase un esforzo investigador para o estudo dos diferentes valores do Parque. Así os traballos que se levan a cabo dentro do ámbito do Parque Nacional son relativos ao seguimiento dos recursos naturais tanto da flora como da fauna e das interaccións entre os diferentes compoñentes do medio. Dentro dos estudos que se realizan hai que destacar os relativos ao estudo do medio mariño.
Numerosos traballos recentes, pola súa proximidade, son coordinados dende as Universidades e Centros de Investigación galegos.
O programa de seguimento dos valores naturais do Parque Nacional das Illas Atlánticas de Galicia ten por obxecto monitorizar un amplo número de variables ambientais co obxecto de coñecer a tendencia do estado de conservación do Parque e servir de apoio ás decisións de xestión.
Adicionalmente, dende o Parque preténdese colaborar con outras institucións que realicen seguimentos ou investigacións ambientais. Para iso, o sistema de seguimento incorporouse a varias redes nacionais e internacionais de seguimento e investigación ecolóxica a longo prazo, como son LTER- España, ILTER, Rede de Observación Ambiental de Galicia e o Plan de Seguimento da Rede de Parques Nacionais.
O seguimento comprende rexistros automáticos en continuo recollidos mediante equipos instalados no campo e mostraxes de campo levadas a cabo por persoal especializado.
Actualmente áchase en fase de implementación, considerando os seguintes aspectos: