Los distintos ambientes naturales de las islas crean una variada vegetación.
Los arenales y dunas, medios de gran aridez, obligan a las plantas a tener adaptaciones especiales: colores claros que reflejen el sol, raíces muy profundas que lleguen a los depósitos de agua, bulbos donde guardar el agua de la lluvia, etc. Son plantas de distribución muy restringida y de protección obligada. El barrón, la azuzena de mar, el alelí de las playas, son especies representativas de estos medios. La camariña, la Armeria pungens y la Linaria arenaria encuentran en las dunas de las islas uno de sus últimos refugios.
Los acantilados, zonas de escaso sustrato enfrentadas la fuertes vientos cargados de salitre, solamente permiten la supervivencia de plantas muy adaptadas, como el perejil de mar, la clavelina o la manzanilla marina. Destaca Angelica pachycarpa como planta exclusiva del noroeste peninsular, asociada a los acantilados frecuentados por colonias de gaviotas.
Los matorrales, dominadas por el tojo y el endrino, tienen un carácter submediterráneo con especies como el torvisco y jara norteña. Como especie propia de estos matorrales destaca la "xesta de Ons" Cytisus insularis, una nueva especie de retama encontrada en la isla de Ons.
En las islas Cíes, Ons y Sálvora, en aquellas zonas más protegidas del viento oceánico, encontramos pequeños bosques de árboles autóctonos, principalmente roble melojo. En Cortegada, por su situación más abrigada en el interior de la ría de Arousa, sus bosques se extienden por casi toda la isla y tienen mayor diversidad de árboles: laureles, sauces, robles, alisos.
En el s XX en las islas se plantaron eucaliptos, pinos y acacias, sobre los que ahora se trabaja para su eliminación y así recuperar los ecosistemas naturales propios.
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