La extraordinaria riqueza marina de las islas se explica por el ascenso de las aguas profundas ricas en nutrientes, que sirven de sustento a pequeños microorganismos, base de la cadena alimentaria. La circulación de las corrientes marinas y estuáricas, la variedad de sustratos y el relieve de los fondos dotan al medio marino de distintos escenarios ecológicos que determinan la gran diversidad de flora y fauna marina. Este es el gran tesoro escondido del Parque.
En las zonas rocosas más batidas por el mar habitan organismos que desarrollaron mecanismos para fijarse en las rocas: percebes, lapas, mejillones, bellotas de mar, etc. Desde la franja mareal, y a medida que aumenta la profundidad, aparecen refugiadas entre las hendiduras de las rocas anémonas, erizos, bígaros, cangrejos, gobios o pulpos.
Los fondos de arena, al carecer de sustrato fijo, condicionan a algunos organismos a vivir enterrados. Este es el caso de las navajas, berberechos o almejas, mientras que otros se mimetizan con la superficie como el rodaballo, el choco o el cangrejo ermitaño.
Otros fondos móviles son los formados por algas calcáreas (llamados de maërl), y los fondos de cascajo formados por restos de conchas, donde encontramos comunidades semejantes a las de los fondos de arena.
La luz y las olas condicionan la distribución de la flora marina, además de la profundidad y las características del sustrato. En las islas exteriores abundan las grandes algas pardas como las laminarias que forman auténticos bosques submarinos.
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