As Cíes foron territorio de paso do home do Paleolítico e Neolítico, e non se chegou a constituír un asentamento ata a Idade do Bronce. Desta época data o poboado de "As Hortas" na aba do Monte Faro e outras referencias a estruturas similares no Alto da Campá, aínda sen verificar.
O poboado de "As Hortas", de tipo castrexo- romano polas estruturas e restos encontrados, asocia unha serie de abrigos naturais dos que cabe destacar o coñecido como "altar druídico": con aparencia de cranio e con canles na súa superficie, que moitos interpretaron como ara de sacrificios en honor aos deuses. Os "concheiros" encontrados (depósitos formados por restos de cunchas, ósos, cerámica, etc.) infórmannos de que na súa alimentación xa se incluían mariscos e peixes das augas próximas. Pénsase que tiñan relacións comerciais coas xentes da costa por achados de áncoras líticas e cerámicas con motivos similares aos da península.
Os romanos, que navegaron polo Mare Tenebrosum, chamaron ás "Illas dos Deuses", e nelas sitúase a lenda de Julio César contra os indómitos Herminios - pobo celta do norte de Portugal que se refuxiou nas illas ante o acoso romano. Os restos romanos similares aos de "As Hortas" encontrados na illa Sur suxeriron un asentamento ou posto de vixilancia para as naves mercantes, aínda sen confirmar.
Tras os suevos, as illas foron testemuña da invasión musulmá nos séculos VII e VIII, aínda que os monxes e poboadores que vivían nestas illas non foron atacados. As illas foron doadas no ano 899 á catedral de Santiago polo rei Alfonso III. Construironse nas illas dous mosteiros; o de San Esteban na illa do Faro e o de San Martiño na illa Susr. Os monxes que alí se instalaron exerceron funcións de control e administración sobre a pequena poboación que congregaron.
A doazón das illas á igrexa é confirmada por sucesivos reis de Galicia seu mosteiros, , son transferidos á orde beneditina en 1152 e aos franciscanos en 1377. Estas novas comunidades relixiosas mantiñan un réxime feudal coa poboación que alí se instalou e que permaneceu ata metade do século XVI. Cultivaron centeo, millo e trigo e mantiveron animais de forma máis ou menos libre nos abundantes pastos: cabras, ovellas, tamén galiñas, coellos e porcos, todo como base da súa dieta que se completaba coa pesca. A fertilización das terras realizábase con algas e dispoñían de abundante auga.
O abandono eclesiástico das illas foi debido en parte aos conflitos internos da igrexa, pero en maior medida por novos ataques piratas que tiveron lugar ata ben entrado o século XVIII, Idade Moderna.
A finais da Idade Media sucédense os conflitos da monarquía española ante o cambio no panorama internacional de ultramar. Isto derivou no uso das illas como caladoiro ou refuxio para barcos estranxeiros. Estas novas invasións (turcos, tunecinos, ingleses) respectaron en boa medida os insulares, salvo no caso do pirata Francis Drake que se asañou coa ría de Vigo e asolou as Cíes. Famosa é a batalla de Rande de 1702 ante a escuadra angloholandesa que, tras a vitoria, deixou lendas sobre tesouros escondidos nos navíos españois afundidos nestas augas.
Por todo este caos marítimo, piratas e rutas comerciais, as Cíes foron obxecto de varios plans de fortificación no XIX, que deron como resultado un almacén de artillaría en 1810 que se situou no antigo mosteiro de San Esteban, e seguidamente un Cuartel de Carabineiros do Reino e un cárcere próximos á praia Da nosa Señora.
Nos inicios do século XIX, estas construcións de defensa proporcionaron unha situación de maior confianza que promoveu o repoboación e instalación de novas actividades. As illas pasaron a depender da vila de Vigo en 1840 e por estas datas instaláronse dúas fábricas de salgadura: unha na illa Norte onde se sitúa o actual Restaurante de Rodas e outra na illa Sur con almacén e peirao de atraque. Prosperou tamén unha taberna "A Insular", preto do Lago, que deu bo servizo a moitos mariñeiros; e construíuse o Faro de Cíes en 1852. O Lago foi utilizado por entón, segundo contan e mostran os seus restos, como viveiro de lagostas.
A competencia das conserveiras na costa próxima motivou o declive das salgas insulares e en 1900 quedaron reducidas a almacéns. As Cíes mantiveron unha pequena poboación, orixinaria na súa maioría de Cangas, que foi decaendo ata mediados do século XX. O seu modo de vida fundamentouse nunha agricultura (pataca, millo e hortalizas) e pesca de autoconsumo e ocupacións como coidadores ou temporais na fábricas de salgadura. Reuníanse nas tabernas (A Insular, a casa do Chuco) e cazaban. Cando as fábricas pecharon, algúns foronse, outros quedaron e viviron de vender a súa pesca en mercados da costa, e xentes da costa aproveitaron este territorio sen regular como pasto para o gando.
A medida que avanzaba o despoboamento crecía o interese turístico das clases acomodadas, e iniciáronse as primeiras visitas ás illas en grupos reducidos a inicios do século XX. A partir dos anos 50 este turismo fíxose masivo e os estudos sobre os valores naturais destas illas mostraron a necesidade de protexelas. En 1980, declarouse Parque Natural ao arquipélago das illas Cíes e no 2002 integraronse no Parque Nacional marítimo-terrestre das Illas Atlánticas de Galicia.
Consulta máis información sobre a historia de Cíes facendo clic aquí.