Las Cíes fueron territorio de paso del hombre del Paleolítico y Neolítico, y no se llegó a constituir un asentamiento hasta la Edad del Bronce. De esta época data el poblado de “As Hortas” en la ladera del Monte Faro y otras referencias a estructuras similares en el Alto da Campá, aún sin verificar. Este poblado, de tipo castreño- romano por las estructuras y restos encontrados, asocia una serie de abrigos naturales de los que cabe destacar el conocido como “altar druídico”: con apariencia de cráneo y con canales en su superficie, que muchos han interpretado como ara de sacrificios en honor a los dioses. Los “concheiros” (yacimientos formados por restos de conchas, huesos) encontrados nos informan de que en su alimentación ya se incluían mariscos y pescados de las aguas cercanas. Se piensa que tenían relaciones comerciales con las gentes de la costa por hallazgos de cerámicas con motivos similares a los de la península. Aunque se especula que estas islas formaban parte de las islas Kassitérides nombradas por los Griegos, la alusión implícita en el topónimo a la Casiterita- estaño- y la ausencia de este metal en el interior de las islas, nos hacen pensar que, caso de ser cierto, tan sólo pudieron ser lugar de comercio de dicho metal. Los romanos, que navegaron por el Mare Tenebrosum, llamaron a las islas "Islas de los Dioses"
Desde la época romana hasta la aparición de los primeros eremitas en las islas no se conocen restos ni documentación de posibles moradores. Este periodo oscuro de la isla se encuadra en el auge de las invasiones de suevos y normandos en estas costas que durarán hasta el siglo XI. El legado romano de la cristianización en todo el territorio gallego, que llegó a convertir a los fieros suevos, fue el origen de la proliferación de órdenes religiosas en la Edad Media.
Las islas fueron donadas en el año 899 a la catedral de Santiago por el rey Alfonso III. Surgen en este periodo- s.XI,XII- dos pequeños monasterios en las Cíes: en la isla del Medio- San Esteban- y en la isla Sur- San Martín, y los monjes que allí se instalaron ejercieron funciones de control y administración sobre la pequeña población que congregaron. La donación de las islas a la iglesia es confirmada por sucesivos reyes de Galicia en tanto sus monasterios están adscritos a la orden benedictina en 1152 y a los franciscanos en 1377. Estas nuevas comunidades religiosas mantenían un régimen feudal con la población que allí se instaló y que permaneció hasta mitad del siglo XVI. Cultivaron centeno, maíz y trigo y mantuvieron animales de forma más o menos libre en los abundantes pastos: cabras, ovejas, también gallinas, conejos y cerdos, todo como base de su dieta que se completaba con la pesca. El abono de las tierras se realizaba con algas y disponían de abundante agua. A finales de la Edad Media se suceden los conflictos de la monarquía española ante el cambio en el panorama internacional de ultramar. Esto derivó en el uso de las islas como caladero o refugio para barcos extranjeros. Estas nuevas invasiones (turcos, tunecinos, ingleses) convirtieron las islas en un lugar muy inseguro, con continuos ataques como los del pirata Francis Drake que se ensañó con la ría de Vigo y asoló las Cíes.
Famosa es la batalla de Rande de 1702 ante la escuadra angloholandesa que, tras la victoria, dejó leyendas sobre tesoros escondidos en los navíos españoles hundidos en estas aguas. El abandono eclesiástico fue debido en parte a los conflictos internos de la iglesia pero en mayor medida por estos nuevos ataques piratas que tuvieron lugar hasta bien entrado el siglo XVIII, Edad Moderna. Durante este tiempo – mitad XVI al XVIII - la hostigada población de las islas mantuvo un régimen similar al antiguo régimen monacal en el que el foro de las, por entonces islas Sías, era administrado por nobles de la villa de Baiona y pasaron a conocerse como Islas Bayonas o de Bayona en el XVIII. La situación de inseguridad causó el abandono de las islas. Por todo este caos marítimo, piratas y rutas comerciales, las Cíes fueron objeto de varios planes de fortificación, que dieron como resultado un almacén de artillería en 1810 que se ubicó en el antiguo monasterio de San Esteban, y seguidamente un Cuartel de Carabineros del Reino y una cárcel próximos a la playa de Nuestra Señora. En los inicios del siglo XIX, estas construcciones de defensa proporcionaron una situación de mayor confianza que promovió la repoblación e instalación de nuevas actividades.
Las islas pasaron a depender de la villa de Vigo en 1840 y por estas fechas se instalaron dos fábricas de salazón: una en la isla Norte donde se ubica el actual Restaurante de Rodas y otra en la isla Sur con almacén y muelle de atraque. Prosperó también una taberna “La Isleña”, cerca del Lago, que dio buen servicio a muchos marineros; y se construyó el Faro de Cíes en 1852. La competencia de las conserveras en la costa próxima motivó el declive de las salazoneras y en 1900 quedaron reducidas a almacenes. El Lago fue utilizado por entonces, según cuentan, como vivero de langostas.
Las Cíes mantuvieron una pequeña población, originaria en su mayoría de Cangas, que fue decayendo hasta mediados del siglo XX. Su modo de vida se fundamentó en una agricultura (patata, maíz y hortalizas) y pesca de autoconsumo y ocupaciones como cuidadores o temporeros en la fábricas de salazón. Se reunían en las tabernas (La Isleña, la casa del Chuco) y cazaban. Cuando las fábricas cerraron, algunos se fueron, otros vivían de la venta de las capturas de pesca en la costa, y gentes de la costa aprovecharon este territorio para pasto de su ganado.
A medida que avanzaba el despoblamiento crecía el interés turístico de las clases acomodadas, e iniciaron visitas a las islas en grupos reducidos a inicios del siglo XX. A partir de los años 60 este turismo se hizo masivo y los estudios sobre los valores naturales de estas islas mostraron la necesidad de protegerlos.
En 1980, se declaró Parque Natural al archipiélago de las islas Cíes y en el 2002 paso a formar parte del Parque Nacional de las Islas Atlánticas de Galicia
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