As illas do Parque nacional albergaron ao longo da súa historia unha serie de asentamentos humanos que deixaron un interesante patrimonio cultural. Este patrimonio está a ser tamén obxecto de protección por parte do Parque. Entre as actuacións máis destacadas encóntranse as prospeccións para a realización dun inventario arqueolóxico, o acondicionamento e sinalización de petroglifos e varias campañas de prospección arqueolóxica submariña.
Edificios emblemáticos, poboados e outras construcións con valor etnográfico son obxecto de recuperación e posta en valor como parte do plan de conservación deste patrimonio. Asi mesmo, a impronta cultural que os navegantes e poboadores deixaron, deu como resultado a abundancia en saberes e quehaceres nos que se traballa para o seu coñecemento e conservación.