Las islas del Parque nacional albergaron a lo largo de su historia una serie de asentamientos humanos que dejaron un interesante patrimonio cultural. Este patrimonio está siendo también objeto de protección por parte del Parque. Entre las actuaciones más destacadas se encuentran las prospecciones para la realización de un inventario arqueológico, el acondicionamiento y señalización de petroglifos y varias campañas de prospección arqueológica submarina.
Edificios emblemáticos, poblados y otras construcciones con valor etnográfico son objeto de recuperación y puesta en valor como parte del plan de conservación de este patrimonio. Así mismo, la impronta cultural que los navegantes y pobladores dejaron, dio como resultado la abundancia en saber y quehaceres en los que se trabaja para su conocimiento y conservación.