O medio mariño ocupa a maior parte da superficie do Parque Nacional. A gran diversidade dos fondos mariños proporciónalle un alto valor ecolóxico e un gran atractivo, tanto polas súas espectaculares paisaxes mergulladas como pola súa riqueza en fauna e flora. Por iso son de especial importancia as medidas de conservación nesta zona. As principais liñas de actuación actuais neste ámbito son a xestión da navegación recreativa, a limpeza e protección dos fondos mariños e a colaboración coa consellería competente en materia de ordenación da pesca e do marisqueo mediante a información dos correspondentes plans.