El medio marino ocupa la mayor parte de la superficie del Parque Nacional. La gran diversidad de los fondos marinos le proporciona un elevado valor ecológico y un gran atractivo, tanto por sus espectaculares paisajes sumergidos como por su riqueza en fauna y flora. Por este motivo, las medidas de conservación en este ámbito tienen una especial importancia. Las principales líneas de actuación actuales en este ámbito son la ordenación de la navegación recreativa, la limpieza y protección de los fondos marinos y la colaboración con la consellería competente en la regulación de la pesca y el marisqueo mediante la información de los planes correspondientes.