A presenza de especies alóctonas que compiten, desprazan ou depredan sobre as autóctonas é un problema de conservación acentuado nos medios insulares. No Parque Nacional das Illas Atlánticas estase a actuar nesta fronte.
Existe un plan de control do visón americano e do gato doméstico, que ameazan principalmente ás aves mariñas, un dos valores máis importantes do Parque.
En canto á flora terrestre invasora, as principais especies nas que se investiu o máximo esforzo foron as realizadas sobre a uña de gato, a acacia negra, o eucalipto, a cala, a margarita africana e a falsa árnica. Ademais, outras especies como o gramón, a vinca, a falsa acacia, a espinaca de Nueva Zelanda, a yuca ou a herba mora tamén foron obxecto de control. Establecéronse protocolos de traballo totalmente distintos aos realizados ata o momento para o control da cala e da uña de gato, logrando uns resultados altamente satisfactorios e que permitían un aforro económico substancial.
No medio mariño actuouse sobre a alga invasora Sargassum muticum.