Malia que os pobos primitivos e protagonistas da historia antiga (celtas, romanos, suevos) chegaron a estenderse por toda Galicia, non existen datos nin estudo de asentamentos ou usos desta illa naquel tempo. Algúns restos atopados nos areais de Sálvora dan fe do paso destes navegantes, pero non demostran a seu asentamento na illa. Así, a historia coñecida de Sálvora comeza a finais da Alta Idade Media cando, formando parte da coroa galego-asturiana, foi doada por Afonso II o Casto á Igrexa de Santiago. Algúns falan dunha igrexa na illa, mais non existen evidencias nin restos que a identifiquen.
Entrando na Baixa Idade Media, a illa utilizouse como campamento base de ataques invasores: viquingos, musulmans, etc, o cal fixo imposible unha poboación estable na mesma. Cando cesaron as loitas e a calma se impuxo na ría, a xente da costa desprazouse a Sálvora para aproveitar as terras. A mediados do século XVI, a Igrexa entregoulle a illa como couto a Marcos Fandiño Mariño. A súa administración e a dos seus herdeiros, ata principios do XVII, baseouse nun réxime feudal no que os poboadores entregabanlle parte das colleitas e do gando nacido na illa ao «amo».
Tampouco existe na illa testemuño do paso dos ataques piratas nos séculos XVII e XVIII, mais nela quedou constancia do auxe comercial e pesqueiro da época: instalouse unha factoría de salga coñecida como O Almacén (para algúns autores é a primeira de Galicia, pois dátana entre 1770-1779, e para outros é coetánea ás das demais illas, de principios do XIX). Posteriormente concedeuse permiso os donos da illa para instalar unha almadraba de atún en 1789, para o cal lle foi concedido o uso exclusivo da illa e de catro leguas arredor dela, feito que deu pé a duros enfrontamentos cos mariñeiros da zona. Finalmente está nunca se chegou a instalar.
Estas empresas fixeron que a xente da costa poboase a illa. As familias agrupáronse na Aldea e nalgunhas casas conviviron varias xeracións. Viviron sen igrexa nin escola (ata os anos 60), mais os fareiros foron bos mestres. Cultivaban millo, centeo e patacas, e cada familia tiña sete ou oito vacas e mais ovellas, galiñas e coellos: todo para o autoconsumo. A bordo das dornas exerceron a pesca, que non estaba suxeita a reparto co amo e que era a súa fonte de ingresos. O único bar, ao lado da fábrica de salga onde agora se atopa a capela, era o lugar de encontro a onde chegaban as novas da costa.
En 1820 Isabel de Mariño, herdeira da illa, casou con Ruperto Antonio de Otero e con eles a saga dos Otero converteuse na nova propietaria de Sálvora.
O Estado expropioulles a illa aos Otero en 1904 por motivos de defensa nacional e mantivo nela unha pequena dotación militar ata 1958. Mentres durou a súa estancia, os poboadores pasaron a ser colonos do Estado sen contrapartidas, cousa que lles permitiu mellorar a vida: as casas, novas cortes, embarcacións mellores, etc.
En 1921 vivían na illa 59 persoas, pero só 25 coñeceron o tráxico naufraxio do vapor Santa Isabel na zona sur. Aconteceu na madrugada do día 2 de xaneiro e moitos poboadores estaban na costa polas festas de aninovo. Valentes os que quedaban, mulleres na súa maioría, lanzáronse en dornas ao auxilio dos náufragos salvando a vida a 48 persoas, pero 213 pereceron afogadas. En decembro do mesmo ano inaugurouse o novo faro.
En 1958 os antigos propietarios recuperaron a illa, mais os insulares iniciaron o despoboamento debido aos mellores traballos da costa. Os propietarios da illa tampouco facilitaron a súa estancia pois introduciron animais como cabalos e coellos que estragaban as colleitas. Os últimos habitantes abandonaron a illa a finais dos anos 70.
Os propietarios instaláronse na antiga factoría O Almacén, que rehabilitaron como pazo en 1968 e transformaron en capela a taberna próxima, ademais construiron a estatua da serea de Sálvora. Empregaban a illa como couto de caza ata que esta actividade foi prohibida pola administración.
No ano 2002 pasou a formar parte do Parque Nacional e non 2007 foi mercada pola administración estatal polo que pasou a ser de propiedade pública.
Consulta máis información sobre a historia e patrimonio cultural de Sálvora facendo clic aquí.