En Cortegada non se atoparon, quizais por falta de estudo aínda, sinais ou indicios da cultura castrexa, mais existen referencias de civilización romana. Estes últimos chamáronlle Corticata, e varias ánforas atopadas nas augas da zona da illa dan testemuño do seu paso por este lugar, sen poder asegurar que se asentasen nela.
Non se coñece se os suevos, os visigodos ou os musulmáns fixeron uso dela na Idade Media, ata que chegamos ao século IX, cando consta que o rei de entón, don Afonso II o Casto, fixo doazón deste territorio á Igrexa de Santiago tras o descubrimento do sepulcro do Apóstolo Santiago. A ruta establecida polo río Ulla para levar a Santiago as riquezas da Igrexa foi un grande atractivo para os viquingos, que empregaban as illas como campamento base estratéxico para planificaren os seus ataques e facerse así co cobizado botín.
Durante os séculos XIV e XV, cando Galicia era un mar de conflitos e a peste negra arrasaba, foron moitos os que peregrinaron ao santuario de Cortegada (s. XIV) para implorar a curación dos seus males. Mentres se sucedían as loitas internas no poder, os piratas e os corsarios apareceron na Idade Moderna por toda a costa, mais descoñécese a súa posible presenza en Cortegada. Desde 1526 a illa foi aforada pola Igrexa e en 1652 construíuse un hospital-albergue de peregrinos que funcionou posteriormente como lazareto.
As xentes que se estableceron na illa situaron o poboado preto do peirao, incluída a ermida e o hospital anexo. Os terreos que se araban estaban dedicados a horta, millo e viñas, e as pías de pedra que aínda quedan entre as casas son testemuño do coidado de vacas, galiñas e ovellas por parte dos poboadores. Todos, residentes e usuarios de terreos, estaban suxeitos ao pagamento de rendas ao «señor» da illa.
Con motivo do declive económico que sufriu a ría no s. XVIII, os concellos de Vilagarcía e Carril —dos cales dependía a illa—, decidiron doarlle Cortegada a Afonso XIII (inicio do reinado dos Borbóns) como lugar para a súa residencia de verán e así revitalizar a economía da ría. Toda a provincia se sumou ao proxecto e, co agrado da Casa Real, efectuouse o acto da doazón na Golpilleira (residencia do señor Quiroga Ballesteros, a quen pertencía o foro da illa) o 19 de agosto de 1907.
Por aquelas datas (inicios do século XX) habitaban na illa 17 familias cun total de 72 habitantes, mais había moitos terreos doutros particulares cuxas cesións non estaban claras e entorpeceron os trámites legais da doazón. Sobre a illa circularon rumores dun gran palacio e unha ponte levadiza. Finalmente, en xullo de 1910, entregouse en Madrid a escritura definitiva da doazón da illa, a pesar de estar xa en marcha a construción do pazo da Magdalena en Santander. A illa quedou como couto de caza do rei, despoboada e baixo a vixilancia duns caseiros designados por el mesmo.
Durante a República a illa pasou a mans do Estado (en 1931, tras o exilio dos monarcas), e para a súa custodia foi destinado un grupo de carabineiros da garda de asalto. En 1958 o territorio foi recuperado polos Borbóns e don Xoán de Borbón efectuou a súa venda en 1978 á inmobiliaria Cortegada S. A., que axiña planificou a súa urbanización alegando unha grande ocasión para o turismo.
Os defensores da súa riqueza natural e paisaxística (familias da illa, veciños e usuarios tradicionais) deron freado a actuación e no ano 2001 o goberno autonómico tratou de incorporala ao patrimonio público. No ano 2002 foi incluída no Parque Natural das Illas Atlánticas, malia a súa condición de propiedade privada en mans de Cortegada S. A. No 2007, coincidindo co aniversario da doazón, a Xunta de Galicia pagou 1,8 millóns de euros fixados como prezo xusto polo xurado de expropiacións, e o arquipélago de Cortegada pasou a ser de novo de dominio público. Os seus defensores celebraron na illa, en compañía do presidente da Xunta, aquel triunfo tan esperado.
Consulta máis información sobre a historia e patrimonio cultural de Cortegada facendo click aquí